В октябре 1962 г. предприятие «ЯВА» опять выпускает две новые модели классов 250 и 350 см3.
Это модели 559/02 и 354/06. У мотоцикла ЯВА-250 мод. 559/02 традиционно одинаковая с мотоциклом ЯВА-350 мод. 354/06 ходовая часть, но улучшен внешний вид, а также функциональные свойства
Мотоцикл ЯВА-250 мод. 559/02 обладал по сравнению с мотоциклом мод. 353/04 несколько лучшими мощностны-ми показателями, тогда как мотоцикл ЯВА-350 мод. 354/06 имел лучшие не только мощностные показатели, но и ходовые качества, а также хороший внешний вид.
Поэтому с конца 1964 г. и с начала 1965 г. эти модели начали выпускать с некоторыми изменениями функционального характера. Большая мощность двигателя у мотоциклов, особенно имеющих рабочий объем двигателя 350 см3, повлекла за собой изменение сцепления. Сцепление нового варианта значительно меньше проскальзывает при сильном и резком открытии дроссельного золотника (ускорении). Изменен был также механизм автоматического выключения сцепления, который стали изготовлять преимущественно из штампованных деталей (для упрощения технологии и уменьшения стоимости производства). Была переделана и передняя телескопическая вилка, для которой использовали систему амортизации подвески в нижней части подвижного наконечника. Существенно улучшился разгон мотоцикла и увеличился срок службы силового агрегата при введении резиновых гасителей крутильных колебании, встроенных в заднее колесо. После этих изменений мотоциклы получили обозначения ЯВА-250 мод. 559/04 и ЯВА-350 мод. 360.
Мотоциклы ЯВА-250 мод. 559/04 и ЯВА-350 мод. 360 стали в 1964-1965 гг. основными мотоциклами, выпускаемыми народным предприятием «ЯВА». Были выпущены сотни тысяч этих надежных мотоциклов. Кроме основных вариантов для внутреннего рынка предприятие разработало еще ряд модификаций с меньшими изменениями в соответствии с пожеланиями отечественных и зарубежных заказчиков